典型腸道細菌脂質A為1，4-二磷酸-β1，6連接糖胺二糖為骨架，以酰胺鍵和酯鍵連接著3-羥脂肪酸或3-酰基羧基殘基。本結構不是所有革蘭陰性菌共有的結構。尤其與大腸細菌種系發生遙遠的家族如硫桿菌（bradyrhizobia），其上述結構不經常遇到。

最初認為衍生脂質A結構為“異常“脂質A型，現在改稱為脂質A變異株。如硫桿菌、緩根瘤菌科、硝化菌屬（N itrobacter）、布魯桿菌屬（Brucella）、著色菌屬（Chramatim Perty），綠菌屬（Chlorobium N ad son）等。不但在LPS的骨架結構上，而且在其替代物（substitution）上均存在明顯變化。脂質A變異株存在過渡型（或轉變型）形式，在類球紅細菌族（Rhodobacter sphaeroides）中，只是部分酰胺連接3-羥脂肪酸被3-氧豆蔻酸（3-oxo-myristicacid）取代。色素菌屬糖胺作為脂質A骨架多糖，但總是伴隨小量2，3-二氨基-2，3-二脫氧-D-葡萄糖（2，3-Diamino-2，3-dideoxy-D-glucose，DAG）連接。

DAG僅存在于脂質A骨架糖。2，3-二胺-2，3-二脫氧已糖的糖醛酸衍生物被報道作為銅綠假單胞屬的不同血清型的菌體抗原（somatic antigen）（O鏈）。

3-氧豆蔻酸：鱗利斯頓菌（L istonella angu illarum ）和類球紅細菌族首先被報道有3-氧豆蔻酸的存在。現在，實際上所有革蘭陰性菌的種系發生樹的種類和菌株形成α-3支鏈均可觀察到。

生物學效應最顯-著的內毒素為腸源性LPS，常常用腸源性LPS 作為標準，檢驗細胞的反應和進行治療效果等的研究，其生物學活性部分脂質A 由β-1，6連接D-糖胺二糖，并附有6個飽和脂肪酸和兩個帶負電的磷酸根所組成。這些結構的排列發生變化，如電荷數目減少，脂酰基團的減少，脂酰鏈分布變化及脂酰飽和程度均可以導致其生物學活性的下降。說明內毒素的一級結構的變化勢必會影響其物理化學作用。Seydel等證實，內毒素中LPS的立體結構與其生物學的效應密切相關。不同的立體結構可以發生不同的效應，一般來說，錐體型的空間結構往往引出細胞的激活效應，而圓柱形的空間結構的LPS 往往是內毒素的拮抗劑，抑制細胞的活化。