通常對腸黏膜屏障的完整性用兩個術語或方法來表示，即細菌轉位和腸的通透性。所謂細菌轉位（bacteria translocation）即為腸內細菌經腸黏膜轉位至局部淋巴結或血液。所謂腸通透性（permeability）是指腸道對不同水溶性物質的通透程度。

細菌轉位的測定常用局部淋巴結、肝、脾、肺組織及血液中的活菌數目來表示。最近用放射性核素標記細菌來估價轉位細菌及其產物（內毒素）的量，認為用局部淋巴結活菌計數法明顯低估了實際轉位細菌，因為大多數細菌在穿過腸黏膜后即死亡。因此，細菌轉位的增加，反映細菌穿透腸壁的能力增加及人體對其殺滅作用降低的綜合結果。正常腸上皮具有選擇性通透性，可吸收小分子物質及阻止高分子物質吸收，并通過細胞旁途徑的特殊結構阻止>1.15nm（11.5A）的水溶性物質吸收。但在病理情況下，其通透性可增加。臨床應用的經典腸通透性測定是通過監測胃腸道攝入小分子標記物進入人體循環的量進行的，常用兩種不代謝的物質：一種為甘露醇，相對分子質量較小，可通過腸黏膜；另一種為乳果糖，相對分子質量較大，極少通過腸黏膜。可通過測定這兩種物質的血尿含量，并根據二者的比例來評價腸黏膜的通透性。大小分子結合應用來測定患者的腸通透性，甘露醇與乳果糖是常用的一對。此外，還有乳果糖和鼠李糖、PEG3350和 PEG400、51Cr-EDTA和PEG400，另外還有許多配對方法。

研究結果表明，細菌轉位是通過轉細胞而不是通過細胞旁通道而實現的。在細菌與腸細胞共同培養后，用電鏡可發現細菌在絨毛細胞內出現，但有的研究也發現細胞間的間隙存在著細菌，提示細菌轉位可通過細胞旁通道而實現。

黏膜通透性增加并不一定伴有細菌轉位，因此有人提出疑問：細菌轉位與腸通透性增加是否是完-全不同的現象？兩者是否有機制上的某種聯系？Well等表明，通過某些手段干擾，如用無鈣培養液或與外毒素一起培養腸細胞，可明顯增加其吞噬活菌能力。他們認為，正常時腸細菌容易黏附在腸細胞基底側，較少黏附在腸細胞頂端。在病理情況下，細胞緊密連接松散，增加了對水溶性物質的通透性，并使細菌黏附增加，促進細菌轉位。另一些資料表明，細菌黏附腸細胞后可增加腸細胞對水溶性物質細胞旁通透性增加，但有關機制不清楚，似乎是與細胞內貯存鐵的釋放致使細胞質內鈣濃度增高有關。

正常腸的細菌，特別是專性厭氧菌，可協同宿主的免疫防御作用，限制潛伏病原菌生長及其黏附上皮細胞。有人用抗細菌移生作用（colonization resistance）來描述腸道正常常駐菌群的保護作用。厭氧菌不僅是腸道最大的菌群，而且在抗細菌轉位中有重要作用，用抗生素改變腸道菌群，可使腸對致病菌的抵抗力下降，導致病菌過度繁殖，厭氧菌腸屏障功能消失，致病菌直接與腸黏膜接觸，穿透腸黏膜細胞，造成細菌轉位。