脂多糖的物理性狀主要表現為集聚程度，集聚度的大小對于生物學活性有著非常顯著的影響。對于某種特定的脂多糖其各種鹽類的生物學活性強弱可不一。實驗表明隨著脂多糖鹽類集聚度的增加(表現為沉淀系數的增加)，則脂多糖的抗補體作用亦相應地增加。高度集聚的脂多糖鈉鹽表達出很強的抗補體活性。其他低集聚度的脂多糖鹽，則表現為弱抗補體活性。脂多糖的三乙胺鹽(S =9.0)則會缺失抗體活性。

除了抗補體活性外，其他生物學活性亦受到脂多糖物理性狀的影響。實驗結果表明:低集聚度的脂多糖分子能導致很強的家兔發熱反應及小鼠致死毒性，而另--方面，高集聚狀態的脂多糖分子易與細胞膜發生作用，可從血清中得到清除，并導致較強的大鼠致死毒性。而脂多糖的其他生物學活性，如致有絲分裂反應及鯊試劑凝集反應等活性，卻不易受到分子集聚程度的影響。